Üle 50 aasta on Valgas käsikäes tegutsenud Jaani ja Peetri kogudused kasutades ühiselt Valga linnakirikut. Viimastel aegadel on aga tekkinud teravad lahkhelid. Peetri kogudus soovis kirikut remontida ja kogus selleks annetusi, kuid Jaani kogudus, kes peab ennast kiriku omanikuks, keelas remondi tegemise ära ähvardades isegi Peetri koguduselt kiriku kasutamisõigus ära võtta.