1929. aastal abiellus Jaan Audova Pangodi vallast pärit ajalooõpetaja Tea Martinsoniga, kes hakkas tööle Valgas.

Õpetajaametisse ordineeriti Jaan Audova 2. septembril 1934, koos temaga olid altari ees ordinatsioonivennad Alfred Tooming, Jüri Kimmel, Karl Kiisk ja varalahkunud teoloogiamagister Kristjan Valdma.

Aastatel 1934–1936 oli Jaan Audova Tartu Peetri koguduse õpetaja Jaan Treumanni isiklik adjunkt. Aastal 1936 saadeti ta piiskop Hugo Bernhard Rahamägi poolt Hiiumaale. Ta teenis aastatel 1936–1937 Pühalepa Laurentsiuse kogudust ja aastatel 1936–1938 Kärdla Johannese kogudust. Aastatel 1938–1939 oli ta Randvere koguduse asetäitja õpetaja. Aastatel 1939–1944 oli ta Rakke koguduse õpetaja kohusetäitja. Kuna sõjaolukorras lahkus Johannes Oskar Lauri Saksamaale, asus Jaan Audova koos perega Otepääle. Otepää Maarja kogudust teenis ta aastatel 1944–1953. Aastal 1953 asus ta Valka (kuna Paul Uibopuu arreteeriti). Valga Peetri-Luke koguduse õpetaja oli ta aastatel 1953–1977. Aastal 1977 jäi ta emerituuri, kuid aitas kogudust edasi teenida oma pojal Peebul.