Valgas õigeusku astunud eestlastele ja osalt lätlastele asutati kogudus 1845 ja 1847 valmis neile Nikolai puukirik. Punastest ja kollastest tellistest viiekupliline ja kellatorniga kirik (arhitekt V. Lunski) ehitati 1896 moodustatud läti-vene kogudusele, samal ajal kui eesti kogudus jätkas Nikolai kirikus. 1913 liitus Tartu preestermärter Issidori kogudusega Nikolai kiriku mahapõlemise järel ka eestikeelne kogudus-ametlikult 1923, kui kirik sai peakiriku staatuse.
1990 algul kogudus lõhenes ja Moskva patriarhaadile truuks jäänud venekeelne koguduseosa lahkus ning ehitas oma pühakojaks ümber endise raudteelaste klubi.
Koguduses teeninud vaimulikud:
Kudrjavtsev Vassili 13.03-10.05.1849 - oli koguduse esimene preester
Šestakovski Jossif 23.12.1849-13.05.1851
Troitski Aleksander 12.03.1851-27.10.1859
Mutovozov Aleksander 31.12.1859-15.01.1866
Vozdviženski Aleksander 15.01.1866-1869
Lebedev Sergei 05.12.1869-08.03.1870
Grozdov Nikolai 1870-31.01.1875
Mednis Peeter (Peteris) 24.03.1875-01.06.1881
Karzov Aleksander 07.1881-27.05.1897
Tamm Aleksander 01.09.1897-01.09.1917
Luha Andrei 30.01.1918-24.03.1919
Melts Joann 04.08.1919-1923
Mainimisi aastatel:
seotud isikud
- Nikolai Grozdov -1875
- Pavel Karklin (Karklinš) 1858-?
- Aleksander Karzov (Kartšov) 1849-1899
- Vassili Kudrjavtsev 1825-1869
- Sergei Lebedev 1830-1883
- Andrei Luha 1868-1919
- Peeter/Peteris Mednis 1849-1916
- Juhan (Joann) Melts 1879-1951
- Aleksander Mutovozov -1880
- Jossif Šestakovski 1822-1896
- Aleksander Tamm 1858-1939
- Aleksander Troitski 1824-1880
- Aleksander Vozdviženski -1869