Valga eesti koguduse asutamise päev oli 10. august 1880. a, mil päeval Karula õpetaja Paslack linnakirikus eestikeelse jumalateenistuse pidas, koguduse Jaani koguduse osakonna avatuks kuulutas ja Valga linna ja Kaagjärve ühes Läti poolega eestlasi üles kutsus omi kirikutähti, mis tänini kas Luke või teistes ümberkaudsetes kihelkondis, kust Valka asujad tulnud, sealt välja võtma ja Jaani koguduse õpetaja praost Kupfferi kätte viima, Eesti koguduse personalraamatu kokku seadmiseks. Ühtlasi õnnistati Hans Einer jumalateenistuse lõpul praost Kupfferi poolt koguduse köstriks ja ka kooliõpetajaks. Kolmel esimesel aastal Eesti kogudusel omaette pastorit polnud. Käisid iga kuu Eesti naabruskoguduste, Karula, Hargla, Urvaste, Helme ja Tarvastu pastorid, kõige sagedamini aga Karula Paslack, jumalateenistust pidamas. Muil pühapäevil pidas H. Einer palvetunde ja toimis ettetulevaid ristimiste ja matmiste talitusi.

Algselt oli koguduse nimi Valga linna Eesti Jaani kogudus. Aasta 1883 sai kogudus abiõpetaja Johannes Falcki näol kindla õpetaja.
Esimesed neli õpetajat (Falck, Rudolf Kallas (al 1884), Friedrich Lezius (al 1887), Willem Reimann (al 1890)) olid Jaani koguduse õpetaja abid. Paul Undritz õnnistati oma kolmandal ametiaastal 24. oktoober 1893 Liivimaa kindralsuperintendendi Hollmanni poolt iseseisvaks õpetajaks.

1898. aastal asus ametisse õpetaja Richard Wühner. Täielikult iseseisvus kogudus 26. veebruaril 1906, kui võeti vastu oma põhikiri ja valiti juhatus. Põhikiri kinnitati alles 25. oktoobril 1908. Peetri koguduse iseseisvumine sai valitsuse heakskiidu ja nüüd sai ta endale ise kirikunõukogu valida. Jaani koguduselt võeti ka üle kõik eesti koguduse jaoks korjatud summad sh kiriku ehitamiseks korjatud raha. 1906. aastal oli kiriku eestseisjaks tollane Valga linnapea Johannes Märtson. 1908. aastal saadi Vene keisri loal iseseisva juriidilise isiku õigused. Samal ajal püüdis Jaani kogudus Peetri koguduse tegevust takistada sellega, et lubas Jaani kirikut kasutada ainult 10 aastat.

1913. aastal saadi Jaani koguduselt enda omandisse ka Aleksandri [Lai] tänava Kaagjärve mõisa omaniku poolt eesti kogudusele kingitud kinnistu.

1919. aastal enamlaste poolt tapetud õpetaja Wühneri asemel oli 1920-1924 õpetajaks O. Frey. Seejärel lühiajaliselt Eduard Aksim.

1920ndatel tekkis tüli linnakiriku (Jaani kiriku) kasutamise üle. Jaani kogudus väitis, et 19. oktoobri 1906. a. Jaani koguduse konvendi otsusega anti linnakirik kümneks aastaks Peetri kogudusele kasutada samadel tingimustel nagu eelnevalt kasutas Jaani koguduse juurde kuulunud eesti kogudus. Tähtaeg sai täis 1916. aastal, kuid sõdade tõttu seda pikendati. 1920. aastal tekkis uuesti küsimus Jaani kiriku kasutamise tingimuste üle, mis kulmineerus tüliga 1925.-1926. aastal, kui vaieldi, kes ja kui palju peaks kulutama linnakiriku remondiks, millal on koguduste jumalateenistuste ajad jne. Tülis osales veel ka kolmas kogudus ehk Luke kogudus.

7. detsembril 1924 asus õpetaja ametisse Arnold Tammik.

1926. aastal saadi riigilt lõpuks maa oma kalmistu avamiseks Tartu maantee ääres. Seni maeti koguduse liikmeid peamisel Jaani koguduse valitsemisel olevatele kalmistutele. 11. september 1927 õnnistati kalmistu sisse.

31. augustil 1930 tähistati koguduse 50. tegutsemisaastat piduliku jumalateenistuse ja kontserdiga. Kirikuõpetaja Arnold Tammikule kingiti koguduse poolt kuldrist, pikaajalisele koguduse esimehele apteeker Henn Sõrmusele auaadress. Anti välja ka ajalugu käsitlev juubelialbum.

H. Einer 10.8.1880-1884 - köster ja kirikukooli õpetaja

Õpetajad:
- Johannes Falck, 23.09.1883.- jaanuar 1884
- Rudolf Gottfried Kallas 04.03.1884-1887 (asutas Valgas esimese eesti raamatukogu, osales ka eestikeelse piibli uuendamisel)
- Friedrich Eduard Lezius 17.01.1887.- 01.07.1890 (kogudus sai oma krundi praegusel Laial tänaval)
- W. Reiman september-november 1890 (oli esimese eesti seltsi, Valga Eesti Karskuse Seltsi asutajate hulgas koos Eineri, Korneli, Hiobiga)
- Paul Undritz 24.10.1893-1.12.1897 enne seda 1890-1893 abiõpetaja (valmis õpetajatemaja 15.01.1896)
- Richard Georg Alexander Wühner vikaarõpetaja alates 1897, õpetaja 19.12.1898-31.1.1919 (kogudus iseseisvus 26.02.1906, valmis kiriku projekt)
- Nikolai Bäuerle, 1919-1920 mai, adjunktõpetaja
- Oskar Frey 27.04.1921- (valiti 10.10.1920, kuid vaidlustuse tõttu olid korduvad valimised 10.04.1921)
- Eduard Friedrich Aksim 04.03.1923.-15.10.1924
- Johannes Kerg 1922-1924 (samal ajal 1919-1924 Läti-Valga Luke koguduse õpetaja)
- Arnold-Ferdinand Tammik (valiti 7.12.1924) 15.03.1925 (õnnistati)-1945

Liideti 1946(?) Valga Luke kogudusega ja moodustus Valga Peetri-Luke kogudus.